Historia Instytutu Pedagogiki związana jest z chlubną tradycją uprawiania pedagogiki jako dyscypliny naukowej w Wyższej Szkole Pedagogicznej w Gdańsku. Po powołaniu 20 marca w 1970 roku Uniwersytetu Gdańskiego, który powstał z połączenia Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Gdańsku i Wyższej Szkoły Ekonomicznej w Sopocie, pedagogowie skupili się w Instytucie Pedagogiki i Psychologii. Jego dyrektorem został prof. dr Ludwik Bandura, wieloletni pracownik WSP. W 1972 roku został utworzony Instytut Pedagogiki, a jego dyrektorem do 1978 roku była doc. dr Irena Jundziłł. W kolejnej kadencji (1978-1981) funkcję dyrektora pełnił prof. dr hab. Klemens Trzebiatowski. Działalność naukowo-badawcza i dydaktyczna Instytutu Pedagogiki była realizowana w pięciu zakładach: Zakładzie Dydaktyki, Zakładzie Teorii Wychowania, Zakładzie Historii Nauki, Oświaty i Wychowania, Zakładzie Pedagogiki Specjalnej i w Zakładzie Nauczania Początkowego. Pod względem kadrowym i naukowym Gdańsk był drugim po Warszawie prężnym ośrodkiem nauk pedagogicznych w Polsce. Ważnymi postaciami środowiska byli między innymi profesorowie: Ludwik Bandura, Kazimierz Kubik, Romana Miller, Kazimierz Podoski, Kazimierz Sośnicki, Klemens Trzebiatowski; docenci: Halina Borzyszkowska, Marian Grochociński, Irena Jundził, Kazimierz Kurpis, Bolesław Maroszek, Tadeusz Mądrzycki, Lech Mokrzecki, Leon Niebrzydowski, Marian Pyrz, Józef Rembowski, Irena Szumielewicz, Elżbieta Zawadzka.

W latach 80. funkcje kierownicze Instytutu Pedagogiki pełnili: prof. dr hab. Lech Mokrzecki (1981-1990) i doc. dr hab. Jan Żebrowski (1990-1996). W kolejnych latach Instytutem Pedagogiki kierowali: prof. dr hab. Tomasz Szkudlarek (1996-2002) i prof. UG, dr hab. Maria Mendel (2002-2008). Struktura Instytutu ulegała zmianie – powstawały kolejne zakłady i pracownie. Kultywowano najlepsze tradycje badań, ale także odważnie podejmowano nowe ich kierunki. Znaczący stał się udział pracowników Instytutu Pedagogiki we współpracy naukowej z zagranicą. Honorowy Doktorat, jaki przyznano w 2006 roku prof. dr. hab. Tomaszowi Szkudlarkowi na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu w Linkőping (Szwecja), stanowiący wyraz uznania dla Jego zasług, stał się dumą gdańskiego środowiska pedagogów. Znakiem wyróżniającym i charakteryzującym gdańskie środowisko pedagogiczne stały się cykliczne konferencje i seminaria naukowe. Dzięki działaniom kadry naukowej Instytut Pedagogiki stał się ważnym miejscem rozwoju pracowników nauki.

Przestrzenią, która przez wiele lat łączyła gdańskie środowisko naukowe pedagogów był budynek przy ulicy Bolesława Krzywoustego 19 w Gdańsku Oliwie. Z tym miejscem związane były osoby, które do dzisiaj utrzymują bliski kontakt z Instytutem. Są to między innymi profesorowie: prof. dr hab. Joanna Rutkowiak, prof. dr hab. Henryk Machel, prof. UG, dr hab. Ewa Rodziewicz. W 2009 roku nastąpiła przeprowadzka do nowego obiektu przy ulicy Bażyńskiego 4. Dyrektorem Instytutu Pedagogiki był wówczas prof. UG, dr hab. Romuald Grzybowski (2008-2012). Symboliczne pożegnanie siedziby przy ulicy Krzywoustego nastąpiło 11 czerwca 2008 roku. Już w nowym obiekcie Instytut Pedagogiki poszerzył kształcenie o nowe kierunki studiów i specjalności.